1、預凍速率：多數情況下制品的預凍速率不同能通過設備有效地控制 （凍干設備的最大制冷能力是不變的）。因此只能以預凍干燥箱體的方式來決定預凍速率。若要預凍速率快，干燥箱體應預先降至較低的溫度再讓制品進箱。反之，可在制品進箱后再對箱體降溫。
2、預凍最低溫度：理論上預凍的最低溫度必須低于制品的共熔點溫度。如果預凍的最低溫度高于制品的共熔點溫度，制品不能完全固化，在真空干燥時液體會沸騰，造成凍干失敗。因每種制品的共熔點是不一樣的，預凍最低溫度必須根據制品的種類、溶液的濃度等因素，通過實驗確定。
3、預凍時間：制品的裝量較多且所用容器底厚也不平整，或不采用把制品直接放在干燥箱板層上凍干時，要求預凍的時間長一些。
4、冷凝器降溫時間：冷凝器在預凍的階段，盡管預凍尚未結束，只要設備的冷凍能力有富裕，抽真空開始之前就可以開始降溫。究竟在系統抽真空開始前何時開始對冷凝器降溫？這需由凍干機的設備的降溫性能來決定。
5、抽真空時間：預凍結束時即為開始抽真空的時間。通常要求半小時左右時間內，箱體內的真空就能達到 10Pa。在抽真空的同時，打開干燥箱體冷凝器之間的真空閥，真空泵和真空閥門打開的時間應一直持續到凍干結束。
6、預凍結束時間：預凍結束，就停止干燥箱體擱板層的降溫，通常，在抽真空的同時或真空度抽到規定要求時，即停止導熱板層的降溫。
7、干燥過程加熱的時間：一般認為開始加熱的時間就是升華干燥開始的時間 （實際上抽真空開始時升華既已開始）。
8、真空報警工作時間：由于真空度對于升華時極其重要的，因此凍干機均設有真空報警裝置。真空報警裝置的工作時間在加熱開始之時到校正漏孔使用之前，或從開始一直使用到凍干結束。一旦在升華過程中真空度下降而發生真空報警時，一方面發生報警信號，另一方面自動切斷凍干箱的加熱，同時還啟動凍干箱的冷凍機，對產品進行降溫，以保護產品不致發生溶化。
9、對干燥箱體內真空進行控制的時間：箱體內進行真空控制的目的是改進干燥箱體內熱量的傳遞，通常在第一階段干燥時使用，待制品升華干燥結束后既可停止控制。
10不同凍干階段制品加熱的最高許可溫度：導熱擱板加熱的最高許可溫度應根據制品理化性質而定。在制品升華干燥時，導熱擱板的加熱溫度可超過制品的最高許可溫度，因這時制品仍停留在低溫階段，提高擱板溫度可提高升華干燥速度。凍干后期導熱擱板溫度須下降到與制品的最高許可溫度一致。此時，由于傳熱產生的溫差，板層的實際溫度可比制品的最高許可溫度略高。
11、凍干的總時間: 凍干的總時間是預凍時間加上升華時間和第二階段干燥的時間.總時間確定,凍干結束時間也確定,這個時間根據產品的品種、瓶子品種裝箱方式、裝量、機器性能來決定。
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