凍干箱是作裝載被凍干的制品并傳遞升華熱用的，生產用醫藥凍干機的凍干箱還能預凍制品。冷阱用來排除制品干燥時所產生的水蒸氣。介質循環系統通過凍干箱給制品提供升華熱。凍干箱的制冷系統通過擱板使制品凍結。冷阱制冷系統用于將制品凍干時產生的水蒸氣凍結。真空系統是使凍干箱、冷阱維持真空狀態的系統。氣動系統給氣動閥門和箱門的鎖緊機構提供壓縮空氣。液壓系統用于將已凍干的制品瓶的瓶塞壓人瓶內。在位清洗（CIP）系統用于凍干機使用前清洗凍干箱和冷阱。在位蒸氣滅菌（SIP）系統用于凍干機使用前凍干箱、冷阱的滅菌。
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