1、樣品的熱不穩定性，樣品間會發生反應，因此需要快速冷卻。由于快速冷卻形成的冰晶體小，會降低升華的速率，對于某些樣品，可以考慮進行退火處理；
2、診斷試劑一般樣品的體積較少，因此在加樣及樣品轉移過程中避免樣品蒸發，操作需要迅速，可預先將凍干機的層板降溫或通過其他設備提前預凍；
3、盡管低溫處理可以避免很多的物理化學變化，如脫酰胺，異構化，水解，氧化，二硫化物的形成等，但是凍干過程中，樣品會受到預凍，干燥及脫水應力的影響，可以通過使用保護劑或工藝改進得以解決；
4、樣品容器的密封問題：由于樣品量較少，一旦吸潮，會導致最終產品的水分含量標高，可以在隔離器或 RABS 系統中進行密封，并且最好雙層包裹。
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