微波凍干技術亦稱微波真空冷凍干燥技術，微波凍干設備真正能將其用于工業生產的產品不多，大多數設備只是用于實驗研究。工業化應用進程的受阻，其主要原因是微波凍干技術存在一些問題缺點：
1、微波加熱量不好控制，易造成物料溫度過高，超過共融點或崩解溫度，從而影響凍干的進行；
2、微波加熱過程中還會產生輝光放電等現象；
3、為優化和控制微波凍干工藝，需要準確地測量物料干燥過程中的溫度變化，但微波場的存在給溫度測量帶來了困難。常規測溫方法( 如熱電偶和熱電阻測溫 ) 在微波場中會產生以下問題 :
①由于微波場中的元件發熱，傳感器得到的溫度并不能真實地反映物料的溫度；
②高頻電壓和電流對溫度信號產生強烈的干擾；
③金屬導線在微波場中可能發生短路、 放電現象并可能燒毀測溫元件 。
4、在于經濟方面的原因, 微波凍干盡管在技術上具有優勢 , 但經濟上能否獲得效益, 還需要從技術經濟的角度進行分析。
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