為滿足凍干制品質量的一致性即擱板溫度差<±1℃。采用大流量泵壓間接制冷和間接加熱的循環系統。
凍干制品吸收和放出熱量 ,主要是由中間流體作為擱板制冷和加熱的媒體。
板層的工作溫度范圍為-60～+80℃，又由于凍干箱內要進行蒸汽消毒，且消毒時蒸汽溫度至少121℃。所以選用低粘度 (5cst) ,高沸點 (200℃) ,低冰點 (-70℃)，無毒無腐蝕性和化學穩定好的二甲基硅油作為該系統傳輸冷熱的中間媒體。
系統布置2套換熱器、加熱器、循環泵 ,分別對應2組的擱板組件。
循環泵: 選用磁力密閉型管道泵。 這種泵的優點：運轉時噪聲小、無泄漏。
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