目前，這些主要設備大多由藥品生產企業分開采購、自行組合。原先的聯動線與凍干系統方案圖，該方案可能帶來以下問題：
（1）人流與物流相互交叉。尤其是在B級區內，抗生素瓶洗烘灌塞聯動線采用直線式結構，灌裝加塞機前后兩側均為操作面，操作人員需穿越A級區，并存在大量操作干預，其產生微粒和微生物的風險很大。
（2）操作區與維護區均在B級區內，維護時對B級區環境生產的影響較大，且車間建造面積大，建造成本高；B級區域面積大，運行成本高。
（3）灌裝聯動線與凍干機之間物料輸送交接點多，交叉污染的風險大。
（4）客戶前期考察中，需分別對各個藥機設備供應商進行考察（增加考察成本，降低考察效率）；且各個供應商設計理念和技術檔次各有差異，在設備選型時，其技術和工藝設計對接協調性差，加大了企業管理難度，增加了企業管理成本。
（5）根據新版GMP附錄1第3條：無菌藥品生產必須嚴格按照精心設計并經驗證的方法及規程進行。特別是藥企在做無菌藥品培養基模擬灌裝的驗證確認和風險評估時，若存在重大缺陷，則各供應商往往會互相推責，導致藥企技術人員難以評判是哪個供應商出了問題，嚴重制約了藥企管理效率和效益。
（6）在設計院的最終設計中，因藥企主要設備來自不同的供應商，加大了設計管理成本，比如其聯動生產協調性差，主要生產數據不能集成管理等。
（7）藥企設備采購成本高。因來自不同的供應商，單體采購合同價值少，采購性價比低，導致藥企采購成本提高。
（8）備件供應與售后服務由多個供應商負責，加大了備件供應與售后服務的管理成本。
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