在本項目中，進入 B 級區的容器具、潔具和無菌工衣分別采用容積為 0.8m3以及 0.36m3的脈動真空滅菌柜進行滅菌。脈動真空滅菌是在滅菌之前通過真空泵將腔室中的空氣抽出，再通入飽和蒸汽進行滅菌。配液系統、灌裝藥液管道、凍干機內腔以及工藝用水系統采用在線滅菌 SIP 進行滅菌。為保證滅菌效果，過程產生的冷凝水應及時排出。同時，為防止外部氣體的侵入，在排水點處設置空氣隔斷裝置。
西林瓶的滅菌采用干熱滅菌法。干熱滅菌是指利用干熱空氣殺滅微生物或消除熱原物質，用于能受高溫、不易被蒸汽穿透的物品的滅菌。隧道式烘箱屬于連續式干熱滅菌設備，由預熱區、滅菌區以及冷卻區三段組成。西林瓶的滅菌采用隧道式烘箱進行高溫滅菌。隧道式烘箱與洗瓶機、灌裝機組成聯動線。對于非最終滅菌無菌制劑的生產，過濾除菌經常作為唯一的除菌方法。配制藥液通過活性炭除熱原后，經過脫炭過濾、預過濾以及兩級除菌過濾進行除菌，如圖。
過濾除菌法是利用細菌不能通過致密具孔濾材的原理以除去氣體或液體中微生物的方法。除菌濾膜孔徑一般不超過 0.22μm。濾器和濾膜在使用前應進行潔凈處理，并用高壓蒸汽進行滅菌或者在安裝后做在線滅菌。更換品種和批次應先清洗濾器，再更換濾芯或濾膜，或直接更換過濾器[8]。在最后一步的除菌過濾之前應采取有效手段盡可能降低產品中的微生物水平。為降低過濾除菌的風險宜安裝第二只已滅菌的除菌過濾器再次過濾藥液，最終的除菌過濾濾器應當盡可能接近灌裝點。
VHP(氣化過氧化氫)滅菌的主要原理是氣化過氧化氫生成游離的氫氧基，通過進攻細胞成分，例如脂類，蛋白質和 DNA，從而破壞微生物組織。過氧化氫滅菌可根除細菌、病毒、真菌和芽孢，是一種廣譜的微生物滅菌方式。氣化過氧化氫應用于傳遞艙、隔離器、凍干機、生物安全柜、醫療器械、生物培養箱、氣閘間和無菌實驗室空間等場合成為最常用的生物凈化方式之一[7]。過氧化氫滅菌具有干燥、易降解、滅菌時間短，滅菌效果可驗證等特點。因此 VHP 傳遞窗非常適用于非潔凈區與潔凈區之間、潔凈區之間不適用濕熱、高溫進行滅菌的物品的傳遞和袋裝物料的表面滅菌。本項目中進入 B 級區的紙、筆等小件物品采用了 VHP 無菌傳遞窗進行傳遞。
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