傳統冷庫型食品凍干機則不然，由于干燥箱無制冷能力，預凍好的制品進箱后必須在很短（例如10-15分鐘）時間內抽空到某一壓力（例如100pa），使被凍結的制品中的冰升華吸熱，從而降低其本身的溫度，維持在低溫下升華，這個時間不能再長，否則被預凍的制品將熔化，影響產品的質量。在正常升華階段，所需真空泵的抽氣量比這小得多（例如小于初期抽氣的二分之一，甚至更小）。如仍用初期排氣的泵來抽，則不僅增加了抽空能耗和加工成本，還會抽出許多水蒸汽。
因此，食品凍干機總是匹配兩套真空泵，一套初期排氣用，另一套小的作為經常運行用。初期排氣的容量不宜比所需的小而經常運行的容量可以小一些，只要大于系統的漏氣量與升華過程中產生的不凝性氣體量之和就可以了。
另外，醫藥凍干機冷阱的溫度較低（例如-50℃~ -60℃），抽氣口處的水蒸汽分壓力也較低，只要抽氣量不是過大（過大時則水蒸汽來不及冷凝被真空泵抽走），將其壓縮到大氣壓仍保持氣態而不會凝結成液態。因此真空泵組的前級泵可以用油封機械泵。
而食品凍干機冷阱溫度較高（例如-40℃），抽氣口處的水蒸汽分壓較高，將其壓縮到大氣壓時，就會有一部分水蒸汽凝結成水滴。若前級泵用油封機械泵，水滴就會進入油中，造成油的乳化，降低了真空泵的密封性能。因此，食品凍干機不能用一般的油封機械泵作前級泵，必須用能排除水分的油封泵或水環泵作前級泵。
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