凍干機結構形式也是多種多樣的,按照凍干箱、冷阱布置的不同,有冷阱內置式和外置式兩種。所謂內置式,是將冷阱置于凍干箱內擱板組的下面或兩側:外置式是冷阱和凍干箱各為獨自的容器,外置式又分為后置式(冷阱在凍干箱后面)、下置式(憐阱在凍干箱下面)、側置式(冷阱在凍干箱側面)等。
內置式結構簡單,干燥時產生的水蒸氣流動阻力小,制冷機的蒸發溫度可以提高,因此制冷機的制冷量大,功耗少。但熱的擱板和冷的冷阱同置于一室,會產生冷熱抵消,又使能耗增加,而且冷阱冷面對擱板和制品熱面之間的輻射、對流會使擱板間的溫度場不均勻,造成制品干燥速率不相等。從而降低了凍干效率,延長了凍干周期。產品干燥程度不一,也降低了藥品的質量。同時冷阱的化霜和制品在擱板上的裝卸不能同進進行,延長了凍干輔助時間。
外置式則與內置式相反。所以現代醫藥凍干機多數采用外置式結構,現代食品凍干機中仍有將擱板與冷阱的冷凝管一道置于同一簡體內的,但實際上有的是用隔板將它們分隔成兩室,中間只留水蒸氣通道,這種結構仍應屬外置式。

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