造成質量差異的主要原因是大小不同的凍干機、不同的環境、同一臺凍干機不同的板層、同一個板層的不同位置、包材接觸的面積大小導致傳熱不同，以及冷凝器溫度傳質效果不同。
因此，板層溫度均勻性對凍干藥品的均一性有重要的影響，而凍干機板層本身的結構及焊接工藝，均會導致導熱油在熱傳遞過程中的影響不一致，在考慮藥品凍干工藝時，一定要考慮板層溫度的均勻性。因此，企業每年都要對凍干機板層溫度均勻性進行驗證確認。
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