1、凍干食用菌制品質量優于其他干燥形式
真空冷凍干燥食用菌時，食用菌中的水分以冰晶態存在，食用菌中的其他成分凍結在其中，冰升華時其他組織不受影響，可保留下來。與食用菌傳統晾曬工藝相比，有效保留了原來外觀形態及物質結構，食用菌制品性狀不會收縮和龜裂，也不會造成表面的硬化。
張樂等通過實驗證明，對食用菌中香菇品種而言，經不同干燥工藝處理的香菇品質有較大差異，其中冷凍干燥處理的香菇在顏色、膨化效果、復水性方面較好。高興洋等利用真空低溫油炸和真空冷凍干燥兩種加工工藝制成香菇脆片，對其感官品質、營養成分進行對比分析。結果表明，真空冷凍干燥香菇脆片其硬度、脆度較大，體積皺縮率較小，顏色較白，感官品質較好，同時其營養成分保留較好。
邢亞閣等對杏鮑菇進行真空冷凍干燥實驗研究，結果表明，真空冷凍干燥對杏鮑菇的粗脂肪含量、粗蛋白含量和總糖含量影響最小，對杏鮑菇中粗纖維含量影響較小。對香菇、木耳、蟲草、靈芝等食藥用菌的超微粉碎菌粉進行真空冷凍干燥，可有效保留其氨基酸、維生素、類胡蘿卜素等營養成分，此外，菌粉還會有香味物質生成。可見，真空冷凍干燥對某些食用菌營養成分含量的影響要優于熱風干燥、微波干燥、自然干燥等其他干燥方式。
2、凍干食用菌制品性狀穩定、復水性能優良且適于長期保存
食用菌在低溫下進行干燥，食用菌中的不穩定物質在此過程中不會發生變性，其物理和化學結構等基本無變化，不易損失營養成分，保留了食用菌本身的獨特香氣。微生物的生長和酶的作用幾乎無法進行。被干燥的食用菌制品內部空隙通常類似海綿狀，其內部組織較疏松，如浸泡在水中則很快恢復成鮮品時的形態。經復水后的食用菌外觀形態、色澤、口感等指標相比干燥前的新鮮食用菌而言，無太大變化。
食用菌制品通過食品真空冷凍干燥機凍干加工后，能脫去約 95%以上的水分，真空冷凍干燥后的食用菌保存期長達2～5年，有利于遠距離運輸和長期儲存。研究發現，冷凍干燥后的食用菌中含有的黃酮類化合物可以得到長達8個月的穩定保存。
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