凍干箱可空箱降溫， 也可不空箱降溫， 然后將產品放入凍干箱內進行預凍， 抽真空之前要根據冷凝器冷凍機的降溫速度提前使冷凝器工作， 抽真空時冷凝器應達到-40℃左右的溫度。
待真空度達到一定數值后( 通常達到 0.1mbar 以上的真空度) ， 即可對箱內產品進行加熱， 一般兩步進行， 第一 步加溫不使產品的溫度超過共熔點的溫度； 待產品內水分基 本干完后進行第二步加溫， 這時可迅速使產品上升到規定的最 高溫度。在最高溫度保持數小時后， 即可結束凍干。
整個升華時間約為 12-24 小時或更長時間， 這與產品在每瓶內的裝量， 總裝量、玻璃容器的形狀、規格、產品的種類、 凍干曲線及機器的性能等等有關。 凍干結束后， 要放干燥無菌的空氣或氮氣進入干燥箱， 然 后盡快地進行加塞封口， 以防重新吸入空氣中的水分。
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