蛋白質凍干工藝的一般步驟為：先將樣品瓶（一般為膠塞西林瓶，或稱為管制瓶）灌裝高度不超過1cm的樣品溶液，虛蓋上膠塞，讓瓶內外空氣可自膠塞叉腳間的導氣槽自由流通。置于-50℃以下低溫冷凍，大約4h以后，開始抽真空，同時適當回溫至-20℃左右，這個過程一般至少持續18~24h，部分產品可能更長；根據整個凍干工藝時間，在結束前10h左右，將隔板溫度升至30℃左右，這個時候樣品中水分極少，且升華過程中的氣態水分也極少，因此，一般不會影響蛋白的穩定性；結束前，直接壓緊膠塞，或充入惰性氣體或氮氣后壓緊膠塞。降低環境溫度至室溫或室溫以下，在膠塞外加蓋鋁蓋并夾緊固定。
凍干后的蛋白樣品應呈白色疏松固體狀，要求水分含量低于3%。因考慮膠塞內網孔可能含有水分，除了膠塞濕熱滅菌后需要長時間烘干外，還要考慮樣品保存期可能吸收膠塞內殘存水分，所以凍干后的新制品中水分含量應該更低。如果動干后的樣品發黃、不能成型，或者復溶時間過長、出現渾濁現象，需要調整制劑配方與凍干技術參數。
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