原位凍干機是指擱板帶預冷功能，產品在箱體內即可完成預凍和干燥，整個凍干過程無需人工干預和轉移。而普通凍干機通常是指實驗室用的鐘罩式小型凍干機，不含多岐管、壓蓋功能，產品預凍需要在冷阱或者超低溫冰箱進行，再放進玻璃鐘罩的干燥室內進行干燥，一般無加熱功能，自然輻射升溫。
目前市面上的中試凍干機、制藥型凍干機基本都是原位凍干機，而食品凍干機中，傳統的冷庫型凍干機就不屬于原位凍干機，擱板預冷的新型食品凍干機屬于原位凍干機。
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