但在實際生產過程中，除考慮藥物經干燥后的質量因素外，還需同時考慮成本、周期、簡便性等因素。凍干因是在真空和低溫條件下進行，所需成本比傳統干燥方式高，，存在干燥時間長、能耗高和設備投資大等缺點。
凍干機設備在中藥領域應用存在的問題，目前大多數有關凍干技術在中藥領域的研究僅停留于基礎研究，有關其機制缺乏，工業化生產還存在一定障礙。因此未來可不斷對凍干機設備進行改良，優化凍干工藝，深入研究其干燥機制，以更好地提高中藥質量，助推其現代化發展。
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