凍干機在中藥材領域的應用能較好地保持藥材的外觀品質、顏色、氣味，脫水徹底，保存性好，同時使有效成分的分解和散失降低到最小限度，保持藥用有效成分的活性。凍干機設備常用于人參、西洋參、冬蟲夏草、山藥、枸杞、鹿茸、三七等的加工。
將凍干機用于人參的干燥，得出人參在凍干工藝條件下，其皂苷含量變化小，與鮮人參相比，其特有的熱敏感性成分丙二酰基人參皂苷Rb1差異很小。而烘干人參片不僅人參總皂苷和熱敏性成分丙二酰基人參皂苷Rb1損失較多，且單體皂苷組成比例也發生了變化，說明凍干方式是一種比較理想的人參干燥方式。
在鹿茸的凍干新工藝及性質研究中，得到了鹿茸片和整枝鹿茸的凍干工藝，纖維觀察和成分分析結果表明，真空冷凍干燥得到的鹿茸性狀和化學成分上比傳統干燥方法更優。通過上海紅鹿凍干機設備生產的凍干三七成品和傳統方法干燥的三七相比，質地疏松、復水性好、氣味濃、切分和粉碎更容易，皂苷含量僅比鮮三七略低，比傳統干燥三七含量高出近2%，品質更優。
將凍干機用于人參的干燥，得出人參在凍干工藝條件下，其皂苷含量變化小，與鮮人參相比，其特有的熱敏感性成分丙二酰基人參皂苷Rb1差異很小。而烘干人參片不僅人參總皂苷和熱敏性成分丙二酰基人參皂苷Rb1損失較多，且單體皂苷組成比例也發生了變化，說明凍干方式是一種比較理想的人參干燥方式。
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